中国医药工业有限公司前身中国医药工业公司，成立于1964年，是当时国家试办的12个全国性专业公司（托拉斯）之一，代表国家对全国医药工业企业行使管理权。

　　1978年，国家医药管理局成立后，公司成为分管全国化学医药工业的专业性公司。

　　1986年，在国家工商行政管理局登记，转变为企业。

　　1998年，中国医药集团总公司成立，公司成为其全资子公司。

　　2004年，经国务院国有资产监督管理委员会批准改制为有限公司，注册资本9.56亿元。

　　截止2009年底，公司资产总额达到31.36亿元，净资产为23.31亿元（不含少数股东权益）。

　　公司当前股权结构为中国医药集团总公司持股67%，中国医药对外贸易公司持股33%。