1964年，中国医药工业公司成立，是当时国家试办的12个全国性专业公司（托拉斯）之一，代表国家对全国医药工业企业行使管理权，接管了全国100多家药厂，并且对全国药厂实行“产、供、销、人、财、物”六统一的集中管理 。1978年，国家医药管理局成立后，中国医药工业公司成为分管全国化学医药工业的专业性公司。并于当年对全国医药工业企业进行了整顿和登记审查，重新给全国844家药厂颁发营业执照。之后又根据国际GMP要求制定了《药品生产管理规范》，并逐步推行全面质量管理。80年代初期，伴随着我国改革开放的步伐，中国医药工业有限公司率先在医药行业开展合资合作。于1980年建立了中国第一家中外合资医药工业企业—中国大冢制药有限公司，这是中国医药工业行业发展的里程碑。此后，又牵头组建了无锡华瑞制药有限公司、上海施贵宝制药有限公司、西安杨森制药有限公司、苏州胶囊有限公司等一批中外合资医药企业。1986年，公司在国家工商行政管理局登记，转变为企业。1998年，中国医药集团总公司成立，公司成为其全资子公司。

　　2004年，经国务院国有资产监督管理委员会批准改制为有限公司，注册资本9.56亿元。截止2009年11月30日，公司资产总额达到31.36亿元，净资产为23.31亿元（不含少数股东权益）。公司当前股权结构：中国医药集团总公司占 67%，中国医药对外贸易公司占33%。